В основном меню стоят прямые ссылки на категории. А в материалах с ЧПУ до идентификатора категории вставляется название материала. И скрипт меню подсветки активной ссылким не распознаёт адрес. И соответственно подсвечивает главную страницу.
В классической реализации меню работает корректно, подсвечиваются наиболее точные ссылки. У каждого модуля есть свое персональное меню, используйте его, и будет подсвечиваться как пожелаете... либо отключите ЧПУ.